La Misión de la Congregación de las Hermanas de San Juan Bautista tiene como fin la gloria de Dios y la santificación de todos sus miembros. De su espiritualidad y misión brotan tres elementos esenciales, a saber, Preparar los caminos del Señor, Reconocer a Jesús de Nazareth y Disminuir para que Él crezca.
Inspirada en su fundador, San Alfonso María Fusco, la Congregación vive centrada en Jesús de Nazareth, con confianza ilimitada en la Divina Providencia.
Preparar los caminos del Señor: Inspirada en su fundador, San Alfonso María Fusco, la Congregación vive centrada en Jesús de Nazareth, con confianza ilimitada en la Divina Providencia; considera a San Juan Bautista un guía privilegiado de Jesús.
Reconocer a Jesús de Nazaret: En este servicio toda la Congregación está llamada a dar testimonio y a revelar al mundo a Jesús de Nazareth en la luz y en la esperanza del Reino de Dios venidero.
Disminuir para que Él crezca: Las Hermanas, como miembros de la Iglesia, abiertas a los signos de los tiempos, sirven con entrega a la humanidad a través de la evangelización, la educación y la promoción humana de los niños y jóvenes, especialmente, los pobres, abandonados y en riesgo.